น้ำกระด้างประกอบด้วยแคลเซียม แมกนีเซียม และเกลือแร่อื่นๆ ที่มีความเข้มข้นสูง ซึ่งเมื่อถูกความร้อนและระเหยไป อาจก่อให้เกิดตะกรันสะสมบนพื้นผิวของตัวแลกเปลี่ยนความร้อนของคอนเดนเซอร์ระบายความร้อนด้วยน้ำ เมื่อเวลาผ่านไป มาตราส่วนนี้จะทำหน้าที่เป็นฉนวนกั้นระหว่างน้ำหล่อเย็นและพื้นผิวโลหะของคอนเดนเซอร์ ซึ่งจะทำให้ประสิทธิภาพการแลกเปลี่ยนความร้อนลดลง เมื่อตะกรันหนาขึ้น ก็ต้องใช้พลังงานมากขึ้นเพื่อให้ได้ผลการทำความเย็นเท่าเดิม ส่งผลให้ประสิทธิภาพของระบบลดลง ต้นทุนการดำเนินงานสูงขึ้น และการสึกหรอของระบบเพิ่มขึ้น การสะสมของตะกรันยังส่งผลให้ความสามารถในการไหลภายในคอนเดนเซอร์ลดลง ส่งผลให้แรงดันและอุณหภูมิสูงขึ้น เพื่อต่อสู้กับผลกระทบเหล่านี้ คอนเดนเซอร์ระบายความร้อนด้วยน้ำจำนวนมากใช้สารลดความกระด้างของน้ำเพื่อขจัดแคลเซียมและแมกนีเซียมไอออน หรือใช้สารเคมีป้องกันตะกรันเพื่อยับยั้งการก่อตัวของตะกรัน

คุณภาพน้ำที่มีระดับ pH สูงมาก (มีความเป็นกรดหรือด่างเกินไป) อาจทำให้เกิดการกัดกร่อนของส่วนประกอบโลหะใน คอนเดนเซอร์ระบายความร้อนด้วยน้ำ - น้ำที่มีค่า pH ต่ำ (เป็นกรด) สามารถทำให้เกิดออกซิเดชันของพื้นผิวโลหะ ทำให้เกิดสนิม และลดความสมบูรณ์ของโครงสร้างของคอนเดนเซอร์ ในขณะที่น้ำที่มีค่า pH สูง (เป็นด่าง) อาจทำให้เกิดการกัดกร่อนของสารอัลคาไลน์ ซึ่งทำให้พื้นผิวโลหะแตกสลาย การมีคลอไรด์ซึ่งมักพบในน้ำทะเลหรือน้ำหล่อเย็นทางอุตสาหกรรม สามารถเร่งการกัดกร่อนแบบรูพรุน ซึ่งนำไปสู่ความเสียหายเฉพาะที่ เพื่อป้องกันการกัดกร่อน ควรบำบัดน้ำเพื่อรักษาช่วง pH ที่เหมาะสม โดยทั่วไปจะอยู่ระหว่าง 7 ถึง 8.5 ซึ่งเหมาะอย่างยิ่งสำหรับการป้องกันการกัดกร่อนทั้งที่เป็นกรดและด่าง สารยับยั้งการกัดกร่อน เช่น ฟอสเฟต สารประกอบสังกะสี หรือซิลิเกต มักใช้ร่วมกับการทดสอบน้ำเป็นประจำเพื่อให้แน่ใจว่าคุณภาพน้ำอยู่ภายในขีดจำกัดที่ยอมรับได้

แหล่งน้ำที่มีตะกอน สิ่งสกปรก หรืออนุภาคอื่นๆ อาจทำให้เกิดการอุดตันและการอุดตันภายในท่อของคอนเดนเซอร์ระบายความร้อนด้วยน้ำและระบบแลกเปลี่ยนความร้อน อนุภาคของแข็งเหล่านี้สามารถขัดขวางการไหลของน้ำ ทำให้ความสามารถในการพาความร้อนออกจากคอนเดนเซอร์ลดลง การไหลที่ลดลงจะเพิ่มความดันภายในคอนเดนเซอร์และลดประสิทธิภาพการทำความเย็นโดยรวม เมื่อเวลาผ่านไป การสะสมของตะกอนอาจทำให้เกิดการสึกหรอแบบเสียดสีกับส่วนประกอบภายใน ความต้องการการบำรุงรักษาที่เพิ่มขึ้น และอาจเกิดความล้มเหลวได้ เพื่อบรรเทาปัญหาเหล่านี้ โดยทั่วไปจะมีการติดตั้งระบบการกรองหรือตัวกรองที่จุดน้ำเข้าเพื่อดักจับอนุภาคขนาดใหญ่ก่อนที่จะเข้าสู่คอนเดนเซอร์ ระบบเหล่านี้ได้รับการออกแบบมาเพื่อกำจัดทราย ตะกอน และสารแขวนลอยอื่นๆ ที่อาจสร้างความเสียหายให้กับส่วนประกอบภายในหรือลดประสิทธิภาพการทำงาน

การปนเปื้อนทางชีวภาพเกิดขึ้นเมื่อจุลินทรีย์ เช่น แบคทีเรีย สาหร่าย และเชื้อรา สะสมอยู่บนพื้นผิวแลกเปลี่ยนความร้อนของคอนเดนเซอร์ เมื่อปล่อยทิ้งไว้โดยไม่ตรวจสอบ จุลินทรีย์เหล่านี้สามารถสร้างฟิล์มชีวะ ซึ่งทำหน้าที่เป็นชั้นฉนวนที่ทำให้การถ่ายเทความร้อนลดลงอย่างมาก แผ่นชีวะยังส่งเสริมการกัดกร่อนและการอุดตัน ส่งผลให้ประสิทธิภาพของระบบลดลงอีก การปนเปื้อนทางชีวภาพเป็นเรื่องปกติในระบบที่ใช้น้ำผิวดิน (แม่น้ำ ทะเลสาบ หรือน้ำทะเล) ซึ่งมีสารอินทรีย์ในระดับที่สูงกว่า การเจริญเติบโตของสาหร่ายเป็นปัญหาอย่างยิ่งเนื่องจากสามารถปิดกั้นการไหลของน้ำและนำไปสู่การใช้พลังงานที่เพิ่มขึ้น เนื่องจากระบบจะชดเชยประสิทธิภาพการถ่ายเทความร้อนที่ลดลง เพื่อต่อสู้กับการปนเปื้อนทางชีวภาพ ระบบบำบัดน้ำมักจะมีไบโอไซด์ที่เป็นสารเคมี (เช่น คลอรีน โบรมีน หรือสารประกอบที่มีทองแดงเป็นองค์ประกอบหลัก) ซึ่งจะฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ก่อนที่จะสร้างฟิล์มชีวภาพ การบำบัดด้วยแสงอัลตราไวโอเลต (UV) เป็นอีกหนึ่งทางเลือกที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมในการป้องกันการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์